Puskesmas Kecamatan Gentuma Raya merupakan sebuah sarana yang berfungsi untuk melayani administrasi dan inventarisasi bagi masyarakat yang berhubungan dengan kesehatan. Perkembangan teknologi yang ada di Puskesmas Kecamatan Gentuma Raya belum memiliki program aplikasi khusu untuk menunjang atau meningkatkan pelayanan kepada masyarakat terutama mengenai pengelompokan penyakit pasien berdasarkan latar belakang diatas, maka penulis melakukan pengolahan data dengan metode clustering dengan algoritma K-Means sebagai pembanding. Sehingga data tersebut dapat membantu pihak Puskesmas Gentuma Raya. Dalam penelitian ini digunakan variabel yaitu data Pasien, Diagnosa, Gejala Penyakit, dan Kategori Penyakit. Berdasarkan hasil pengujian algoritma K-Means Clustering pada Puskesmas Kecamatan Gentuma Raya maka di peroleh kelompok penyakit menular dan penyakit tidak menular. Hasil penelitian ini didapatkan 4 Cluster sehingga dapat dikatakan penelitian berhasil. Hal ini dibuktikan dengan pengujian White Box dimana V (G) = CC = 4.