Kurangnya pola hidup bersih masyarakat membuat diare mudah menyebar dikalangan masyarakat. Akan tetapi masyarakat cenderung pasif akan bahaya dari penyakit diare membuat mereka kurang peduli dengan kondisi kesehatan mereka, maka sangat diperlukan suatu system yang dapat melakukan diagnosa awal penyakit ini tanpa seorang pakar maupun petugas kesehatan agar penanganan pasien sesuai dengan diagnosa awal pasien. Dalam penelitian ini digunakan suatu system yang disebut Sistem pakar yang merupakan suatu aplikasi komputer yang dapat menirukan pemikiran seorang pakar dan digunakan untuk menyelesaikan masalah yang membutuhkan keahlian seorang pakar. Metode yang digunakan dalam system pakar ini yaitu menggunakan metode certainty factor yang mana metode ini merupakan metode yang cocok dipakai dalam system pakar untuk mengukur nilai kepastian dalam mendiagnosa sebuah penyakit. Penerapan Metode Certainty Factor Untuk Diagnosa Penyakit Diare dalam penelitian ini membantu dan memudahkan pasien dalam mendiagnosa jenis penyakit diare secara tepat. Hal ini dibuktikan dengan hasil pengujian yang dilakukan dengan metode White Box Tesing dan Basis Path yang menghasilkan nilai V(G) = 4 CC, serta pengujian Black Box yang menggambarkan kebenaran sebuah logika sehingga didapat bahwa logika flowchart benar dan menghasilkan Aplikasi diagnosa penyakit diare yang tepat dan dapat digunakan.