Kurangnya asupan makanan serta pemilihan jenis makanan yang tidak tepat merupakan salah satu penyebab terjadinya gangguan gizi pada balita. Pencegahan dan penanganan gangguan gizi pada balita cenderung pasif karena kurangnya kepedulian orang tua terhadap kesehatan anak mereka. Untuk mengantisipasi hal ini diperlukan sebuah system yang dapat melakukan diagnosa awal gangguan gizi balita. Sistem pakar merupakan program komputer yang dapat meniru proses pemikiran dan pengetahuan pakar untuk menyelesaikan suatu masalah yang spesifik. Penerapan Metode Bayes dalam system ini karena merupakan metode yang baik di dalam mesin pembelajaran berdasarkan data training, dengan menggunakan probabilitas bersyarat sebagai dasarnya. Hasil penelitian ini dapat membantu dan memudahkan para petugas dan dokter dalam mendiagnosa jenis gangguan gizi yang diderita oleh pasien. Hal ini dibuktikan dengan hasil pengujian yang dilakukan dengan metode White Box Testing dan Basis Path yang menghasilkan nilai V(G) = 5 CC, serta pengujian Black Box yang menggambarkan kebenaran sebuah logika sehingga didapat bahwa logika flowchart benar dan menghasilkan sistem pakar yang tepat dan dapat digunakan.