Peranan dari sistem pengendalian internal sangat penting untuk menciptakan pemerintahan yang efisien, efektif dan handal. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui dan menganalisispengaruh sistem pengendalian internal terhadap pengelolaan keuangan di Desa Mekar Jaya, Kecamatan Duhiadaa, Kabupaten Pohuwato. Penelitian ini menerapkan jenis penelitian kuantitatif. Dari hasil olahan data dengan menggunakan SPSS-16 dan pembahasan, ditemukan bahwa dengan F hitung sebesar 4,458 > sig. sebesar 0,049, itu bermakna bahwa hubungan antara sistem pengendalian internal (X) terhadap pengelolaan keuangaan desa (Y) di Desa Mekar Jaya, Kecamatan Duhiadaa, Kabupaten Pohuwato sebesar 4,458 adalah signifikan.