Peranan dari sistem pengendalian internal sangat penting untuk menciptakan pemerintahan yang efisien, efektif dan handal. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui dan menganalisis Pengaruh sistem pengendalian internal terhadap pengelolaan Dana Desa di Desa Popayatao Kecamatan Popayato Kabupaten Pohuwato. Dari hasil olahan data, dengan menggunakan SPSS-16 dapat diperoleh korelasi variable Sistem Pengendalian Internal (X) dan variabel Pengelolaan Dana Desa (Y) diperoleh nilai 0,443, yang artinya bahwa, korelasi antar kedua variable tersebut masuk dalam kategori hubungan yang kuat yaitu 44,3%. Korelasi sistem pengendalian internal (X) dan variabel Pengelolaan Dana Desa (Y) adalah signifikan sebesar 0,007 ( 0,007 > 0,05 ).