Pengelolaan dana desa merupakan kegiatan yang meliputi perencanaan, pelaksanaan, penatausahaan, pelaporan, pertanggungjawaban, dan pembinaan serta pengawasan Dana Desa. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui dan menganalisis Pengaruh sistem pengendalian internal Pengelolaan Dana Desa di Desa Popayato Kecamatan Popayato Kabupaten Pohuwato. Dari hasil olahan data, dengan menggunakan SPSS-16 dapat diperoleh nilai t hitung sebesar 2,056 (t hitung 8,418 > t tabel 2,056). Yang berarti bahwa variabel Kompetensi Aparat (X1) berpengaruh positif dan signifikan terhadap Pengelolaan Dana Desa (Y) di Desa Butungale Kecamatan Popayato Barat Kabupaten Pohuwato dan didukung dengan nilai signifikan sebesar 0,000 yang lebih kecil dari taraf signifikan yang digunakan yaitu 0,05 atau 5% (0,000 < 0,05). Nilai t hitung sebesar -0.664 lebih kecil jika dibandingkan dengan nilai t tabel sebesar 2,056 (t hitung -0.664 > t tabel 2,056) dengan nilai signififikan 0,035 < 0,05 atau 5% (0,035 < 0,05) yang berarti bahwa variable Partisipasi Masyarakat (X2) tidak mempengaruhi Pengelolaan Dana Desa (Y) di Desa Butungale Kecamatan Popayato Barat Kabupaten Pohuwato. Nilai thitung sebesar 0,541 lebih kecil jika dibandingkan dengan nilai t tabel sebesar 2,056 (t hitung 0,541 < t tabel 2,056). Yang berarti bahwa variable Ketaatan Pelaporan (X3) berpengaruh positif dan namun tidak signifikan terhadap Pengelolaan Dana Desa (Y) di Desa Butungale Kecamatan Popayato Barat KabupatenPohuwato. Demikian pula halnya diperoleh nilai signifikansi sebesar 0,593 yang lebihbesar dari taraf signifikan yang digunakan yaitu 0,05 atau 5% (0,593 > 0,05).Sedangkan F hitung sebesar 24.420 > F tabel sebesar 2,975 dengan probabilitas terjadinya kesalahan Fhitung lebih kecil dari taraf (α) kesalahan yang ditentukan 0,000 < 0,005. Dengan demikian variabel Kompetensi Aparat (X1), Partisipasi Masyarakat (X2) dan Ketaatan Pelaporan (X3) secara simultan berpengaruh positif dan signifikan terhadap Pengelolaan Dana Desa (Y) di Desa Butungale Kecamatan Popayato Barat Kabupaten Pohuwato.