Tujuan penelitian yang ingin dicapai adalah untuk menganalisis pengaruh sistem pengendalian manajemen berupa struktur dan proses pengendalian manajemen baik secara parsial maupun simultan terhadap efektivitas pengelolaan anggaran pada Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pohuwato. Penelitian ini menggunakan jenis penelitian kuantitatif. Berangkat dari hasil pembhasan, penelitian ini mengindikasikan bahwa: 1) Struktur pengendalian manajemen secara parsial berpengaruh positif sebesar 19,3% namun tidak signifikan terhadap efektivitas pengelolaan anggaran pada Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pohuwato. 2) Proses pengendalian manajemen secara parsial berpengaruh positif sebesar 68,5% dan signifikan terhadap efektivitas pengelolaan anggaran pada Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pohuwato. 3) Sistem pengendalian manajemen (Struktur dan proses pengendalian manajemen) secara simultan berpengaruh positif sebesar 75,8% dan signifikan terhadap efektivitas pengelolaan anggaran pada Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pohuwato.